Skomplikowany plan budowli i przytłaczające, słabo oświetlone sklepienia, miały - już w zamiarze architektów - tworzyć sprzyjający wewnętrznemu wyciszeniu i medytacji nastrój. Klimat tego miejsca potęgują jeszcze ubrani w brązowe habity zakonnicy oraz surowo przestrzegany zakaz fotografowania, chociaż nakaz zachowania ciszy jest często łamany przez tłumy tłoczące się przy freskach Cavalliniego. Szczątki św. Franciszka spoczywają w podziemnej krypcie (wejście ze środka nawy w dół). Odkopano je dopiero w roku 1818 po 52 dniach poszukiwań, gdyż po śmierci - dla bezpieczeństwa - ciało świętego złożono w ukryciu. Obecnie ciągną tu nieprzerwanie masy ludzi mówiących wszystkimi językami świata.
Nawa kościoła dolnego została wykuta w skale. Jest bogato zdobiona freskami z II połowy XIII wieku. Kaplice pochodzą z końca XIII wieku. Transept i kaplice udekorowali freskami w pierwszych dwóch dekadach XIV wieku Simone Martini, Pietro Lorenzetti i Giotto.