Zarówno pielgrzymi, jak i miłośnicy sztuki, kierują się od razu do Bazyliki św. Franciszka. Cieszy się ona zasłużoną sławą najważniejszego zabytku Umbrii i jednego z najokazalszych, umieszczonych poza muzeami, zbiorów sztuki w świecie.
Budowę rozpoczęto w roku 1228, dwa lata po śmierci świętego, dzięki napływającym z całej Europy ofiarom pieniężnym. Zaledwie w cztery lata potem relikwie kanonizowanego już świętego przeniesiono do nowego kościoła (dziś dolnego). Obok stanął klasztor minorytów. W 1253 roku papież Innocenty IV konsekrował gotycką bazylikę, którą wzniesiono nad dolną świątynią. Kilkanaście lat wcześniej (1239) gotowa była już strzelista kampanila.
Wnętrze obu kościołów stało się z czasem jedną wielką galerią malarstwa włoskiego późnego gotyku. Pracowali tu wraz z uczniami toskańscy mistrzowie m.in. Cimabue, Giotto di Bondone, Pietro Lorenzetti, Simone Martini. Późniejsze wieki niewiele już dodały do tego. Grób św. Franciszka pozostaje do dzisiaj celem pielgrzymek, nie tylko katolików. Traktaty Laterańskie z 1929 uznały świątynię (jedyną poza Rzymem bazylikę większą czyli patriarchalną papieży) za własność Państwa Watykańskiego. W 1997 trzęsienie ziemi poważnie uszkodziło budowlę i jej malowidła. Z poloników warto odnotować, że tu właśnie w 1253 papież Innocenty IV kanonizował biskupa krakowskiego Stanisława ze Szczepanowa.
Większość zwiedzających zaczyna od Giotta w kościele górnym, głównie dlatego, że przeważnie wchodzi się tam najpierw, ale ciemny kościół dolny (schodami po lewej w dół) jest, z punktu widzenia zarówno architektury jak i sztuki, wcześniejszy i równie godny uwagi. Jeśli czas pozwala, warto obejrzeć krużganki (wejście z prawej tylnej strony dolnego kościoła), oraz skarbiec (wejście w absydzie dolnego kościoła). Choć często opuszczany przez zwiedzających, posiada bogaty zbiór ofiarowywanych franciszkanom przez całe wieki obrazów, relikwiarzy i rożnych innych przedmiotów o przeznaczeniu religijnym.