Cztery wspaniałe freski umieszczone na sklepieniu kościoła dolnego ponad samym ołtarzem przedstawiają alegorie cnót, na których Franciszek oparł swój zakon: Ubóstwo, Czystość i Posłuszeństwo, oraz świętego Franciszka w glorii. Autorstwo jest dyskusyjne. Niektórzy obrazy przypisują Giottowi, lecz obecnie często uważa się ich za dzieło jednego z całej armii nieznanych artystów religijnych.