Sklepienie północnego transeptu jest ozdobione freskami przedstawiającymi sceny z życia Chrystusa, w tym Ukrzyżowanie oraz cuda św. Franciszka. Autorstwo Giotta jest dyskusyjne. Sceny te zostały prawdopodobnie wykonane przez kogoś z pracowni Giotta pod kierownictwem samego mistrza. W tym zestawie fresków znajduje się też arcydzieło Cimabua Madonna z Dzieciątkiem, Aniołami i św. Franciszkiem (Maestra).