Układ geologiczny Słowackiego Raju spowodował, że często szukali tu schronienia ludzie prześladowani, zbuntowani, rzecznicy walki narodowowyzwoleńczej. W latach 1241-42 część mieszkańców Spisza pod wodzą grafa Jordana schroniła się przed Tatarami na wzgórzu koło wsi Letanovce. Dla upamiętnienia tych wydarzeń zostało ono nazwane "Skałą Ratunku" (Skala utočista). W miejscu schronienia około 1305 roku wybudowano klasztor zakonu Kartuzów z kościołem św. Jana Chrzciciela. Budowle zostały zniszczone w 1543 roku w czasie napadu na klasztor rycerzy rabusiów. Dzisiaj pozostały tu resztki murów, a miejsce to zwane jest Klaštorisko.
Dramatyczne dzieje Słowackiego Raju związane są także z okresem husyckiego ruchu rewolucyjnego. W połowie XV wieku twierdzą trudną do zdobycia stał się tabor na Zielonej Górze - siedziba przywódcy bratczyków (odłamu husytów), Petera Axamita. Twierdza ta powstała nad Hornadem, 2 km na południe od wsi Hrabušice, na ruinach XIII-wiecznego grodu Marcelov Hrad. Tabor na Zielonej Górze przez kilka lat opierał się atakom nieprzyjaciela. Pomagało mu w tym dogodne położenie - od zachodu, wschodu i południa chronił go Hornad, od północy zaś przepaście nie do przejścia. Obwałowania twierdzy Zielonej Góry zachowały się do dziś.
Następne stulecia nie przyniosły również regionowi pokojowych dni. Strategiczne warunki Słowackiego Raju wykorzystali także uczestnicy Słowackiego Powstania Narodowego. Siedziby partyzantów znajdowały się m.in. w Dedinkach, w bacówce na Glaci i w Klaštorisku. Hitlerowskie jednostki nie odważyły się wejść w góry Słowackiego Raju, a przeczesywały tylko krawędzie obszarów leśnych.

---

O początkach turystyki w Słowackim Raju można mówić dopiero po odkryciu Dobszyńskiej Lodowej Jaskini przez inżyniera górnika Ruffina 15 lipca 1870 roku. W latach 1877-78 wytyczono turystyczny szlak do już wcześniej znanego źródła pod Hawranią Skałą, tzw. Občasnego Prameňa. O zorganizowanej turystyce można jednak mówić po powstaniu pierwszej na tych terenach organizacji turystycznej pod nazwą: Węgierskie Towarzystwo Karpackie (Uhorsky Karpatsky Spolok). Oddział miejski Towarzystwa założony w Spiskiej Nowej Wsi w 1882 roku rozciągał swoją działalność na Słowacki Raj. Pierwszą znaną wycieczkę do Klaštoriska zorganizował Oddział 17 czerwca 1893 roku. Pod kierownictwem profesora Martina Rotha przebadano znajdujące się po drodze kaniony Słowackiego Raju. Niektóre miejsca zostały udostępnione najsprawniejszym turystom do zwiedzania. W roku 1898 odkryto i udostępniono turystycznie kanion Veľky Sokol, w roku 1900 dolną część kanionu Suchá Belá po Misove vodopady (dalszą część udostępniono w 1910 roku, a do końca dopiero w 1960 roku), w 1907 - kanion Kyseľ, a w 1911 Sokolą Dolinę i Piecky. Przełom Hornadu był udostępniany dla turystów etapami poprzez budowanie na dnie koryta rzeki tzw. "chodnika Horskiej Služby". Ostatni odcinek chodnika między Letanowskim Młynem i Skalnymi Wrotami ukończono dopiero jesienią 1974 roku. W celu zabezpieczenia przed zniszczeniem cennej przyrody, teren Słowackiego Raju został 21 sierpnia 1964 roku uznany za obszar chroniony (Chranena Krajinna Oblasť - CHKO). Obecnie znajduje się tu 11 rezerwatów przyrody.